Die Gäste des Elounda Mare Hotel werden in 82 Wohneinheiten untergebracht. Im Hauptgebäudes des Elounda Mare Hotel finden sich 38 Superior-Gästezimmer und Suiten. Über das Geländer der Resortanlage verteilen sich zusätzlich weitere 44 Bungalow-Suiten und Wohneinheiten. Alle Gästezimmer des Hauthauses sind klimatisiert und bieten einen atemberaubenden Blick auf das türkisfarbene Mittelmeer und verfügen über Terrasse oder Balkon. Die individuell klimatisierten Bungalows mit der gleichen herrlichen Aussicht verfügen über einen Meerwasserpool, welcher entweder gemeinsam mit der benachbarten Wohnheit oder sogar alleine genutzt wird. Die meisten dieser Pools werden sowohl in der Vor- als auch in der Nachsaison beheizt. Alle Zimmer und Bungalows des Hotel Elounda Mare verfügen über Marmorbäder. Die Wohneinheiten im Haupthaus verfügen sämtlich über Whirlpool-Wannen und separate Duschen. Alle Wohneinheiten verfügen über Direktwahltelephon, Satlliten TV, Musikkanal, Minibar, Safe und Haartrockner. In den Bungalows mit privaten Pool geniessen die Gäste einen speziellen VIP-Service.